影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事。
《黑客帝国》是由华纳兄弟公司发行的系列动作片，该片由沃卓斯基兄弟执导，基努·里维斯、凯莉·安妮·莫斯、劳伦斯·菲什伯恩等主演。影片已上映的有三部，为《黑客帝国》、《黑客帝国2：重装上阵》、《黑客帝国3：矩阵革命》，分别于1999年3月31日、2003年5月15日、2003年11月5日在美国上映。
角色介绍
1、尼奥
演员：基努·李维斯
矩阵中，他表面是工程师，暗地是黑客。后被墨菲斯找到，并脱离矩阵来到真实世界。被告知其身份为“救世主”，使命是要解救受矩阵控制的人脱离矩阵，受到特工史密斯的百般阻挠。本集中尼奥的身体和思想意外分离，后者再度陷入到“母体”中，尼奥与特工史密斯将展开一场绝命殊死战。
2、墨菲斯
演员：劳伦斯·菲什伯恩
Nebuchadnezzar号飞船上的船长。他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来。一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主。他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
故事的大概情节就如六楼所言，但是如果第一部几个关键点没搞清楚的话，整个故事确实是很难理解的。我想谈谈我对看黑客三步曲后的认识。
其实整个故事的背景时间是在22世纪，也就是说电影中真正的人类已经是22世纪的了。电影中的“母体”其实就是一个被人开发出来的电脑程序，它能控制大多数人的大脑意识，使人们生活在“母体”这个虚拟的环境中。在虚拟世界中的背景时间恰恰是21世纪左右，电影开始就是在虚拟世界中，所以你会觉得什么警察、老板、公司都和我们现在现实生活中的差不多，像史密斯这种超人似的特工是“母体”程序生成的特殊子程序，其职责是保护主程序不被破坏，后来你看到他死而复生而且能随意复制自己，也就是他这个程序变异成病毒的结果。其实开始身为黑客并在一家电脑公司工作的尼奥也是意识被控制了生活在虚拟世界的人，后来吃了墨菲斯的一颗药丸后（这药丸能使人的意识脱离程序的控制），画面突然变成尼奥躺在液体中身上插满了管子，此时尼奥的意识回到了现实世界22世纪，我们看到他周围上下还有很多和他一样未醒的人其实就是那些被程序控制意识在虚拟世界生活的人。和墨菲斯一起的人都是不被“母体”控制的真正的人，但通过在脑后插入插头就能自由出入虚拟世界，他们的目标就是要解放人类的意识，恢复人类自己的生活。故事的主线就是人类与“母体”的战争，需要说明的是，“母体”只是程序，就像大脑，它支配着机械城中的机器，所以，墨菲斯和尼奥他们既要与乌贼兵打斗，又要进入母体寻找一个多世纪来这场战争的真相。
虽然我只看过一遍，但我觉得自己对这个故事理解地还是比较清楚地，希望对你有所帮助
《黑客帝国》是由华纳兄弟公司1999年开始发行的系列动作片，该片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为"矩阵"的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途的故事；
黑客帝国表达的意思有以下几个方面：
1、探讨现实与虚幻问题，机器用矩阵来给人一个虚幻的世界，当主角跳出矩阵的时候，发现原来矩阵之外又是另一个矩阵；
2、探讨文明的发展，人类最终被他创造的机器控制，机器又差点被它创造的程序所控制，那么是不是每一种文明都有终结的那一天；
3、探讨有关选择的问题，选择是意义的前提，没有选择的生命就没有意义，所以机器便设计一个矩阵让人们在虚拟世界中做选择。
要回答这个问题首先要谈论下黑帝的世界观，黑帝的世界观是这样的：正常发展的世界我称之为世界A，在A世界21世纪末的某一天，人类发明了AI（人工智能），并且像大多数科幻片一样，AI拥有了自己的意识，于是，他们开始统治人类，在2299年之前（可能很靠前，也就是说并不靠近2099年）的某一天，人类为了对抗AI，决定放弃机械化，人类制造了一片阴云，遮蔽了太阳，失去了太阳这一主要能源，然而，残余的还能活动的机器人意识到（他们拥有自己的思想）一个问题，那就是人体发电，人体可以代替很多的能源产生大量的能量（ATP），于是，他们囚禁了人类（在第一部里有说明，把人类的胚胎当成庄稼），而少数逃离苦海的人们就组建了地下城市锡兰，与此同时，机械方面的首脑利用庞大的程序创造了一个“母体”，这个世界我们命名为B，但是，问题在于，机械方面并不能完美控制这个母体而他们又不知道（或许知道但是根据后边的剧情发展，认为机械方面不知道更合理），他们只是在里边安装了几个“杀毒程序”（就是特警，带黑墨镜穿西服的人），而最重点的地方也就是很多人都看不懂的地方在于A与B重合了，并不是平行世界，而是真真正正的重合了，就有了未来创造过去的感觉，在影片后期经常会有他们躺在椅子上往头上插管子进入母体的情景，实际上他们进入的是世界B，因为两个世界重合，所以他们也是进入了世界A，并且他们之所以能进到母体（世界A）是因为他们可以在脑袋后边插管子，而出生在锡兰的人（比如坦克和法兰）脑袋上不能插管子，所以他们不能进入母体只能在外边操作换言之那些人之所以能回到世界A，是因为他们本来就属于世界A，从这一点未来人布恩那个回到过去还是很合理的，而关于那些能变脸的特警，由于他们管理的是世界B，并且世界重合，所以他们能通过世界A的人变脸
如果题主问的是故事情节，那就是尼奥身为救世主为人类而战的故事，其实看懂世界观之后故事情节还是很好理解的，如果题主问的是这部电影的主题的话，那就是“为自由而战”
我来说两句