第三部结尾，最后阶段史密斯进入到尼奥的身体，用自己覆盖了尼奥，以为消灭了尼奥取得了最终的胜利。可惜高兴不到3秒，尼奥.史密斯先生就自爆了。为何？原因是就我上面想要表达的，史密斯因尼奥存在而存在，现在1没有了，自然就不会有-1了。因此史密斯的死，依然是母体再平衡机制的结果。母体之所以之前无法消灭史密斯其原因与母体无法消灭尼奥是一样的，那就是他们都是母体不完美等式的产物，是自发的、原生的、难以调和的矛盾。由尼奥生--史密斯生到尼奥死--史密斯死的因果过程也与本片的台词“everything that has a beginning has an end 任何事情有开始就有结束”起到遥相呼应的效果。
neo和smith以正负方式相抵消都消失了，机器人停止了攻击。人与电脑暂时取得了和平。
黑客帝国3，机器准备第七次毁灭锡安（人类地心城市）。人类岌岌可危，根本没有胜算。由于伴随neo产生的程序斯密斯（总跟neo打的那个）已经失控，占领了整个母体（机器控制人类的虚拟世界）。neo冒死去机器城跟机器老大去谈判。要求和平。
谈判的筹码就是neo能消灭斯密斯。否则斯密斯会脱离母体扩散并控制整个机器城。机器答应了neo的条件。于是neo在机器城接入母体，与斯密斯来了场终极对决。最终neo赢了。机器旅行诺言也放弃了对锡安的进攻，所以乌贼们都回去了。
至于在母体里面的人类。给了他们自由选择的权利。想留在母体的继续留在母体，想脱离母体的可以自由脱离。就是最后的画面，先知和母体设计者的对话。
neo为人类和机器争取来了一段时间的和平，和平能持续多久谁也不知道。
整个黑客帝国到此结束。
如果是你在母体里，你是选择留在母体，还是选择脱离母体呢？
不能说活着，但应该也不是死了吧，毕竟他的存在就是为了修复母体，重建ZION，就如前5任救世主所做的一样，但是因为他有爱，和别人不一样，他才选择了和别人不一样的道路。所以应该也不能算个真实存在的吧。
倒下去以后？他不是进入母体和SMITH打斗么？最后被SMITH复制，那时候由于他连接着主机，当SMITH复制完成后，主机得到了SMITH的代码，从而就可以DELET掉SMITH了，消除这个病毒，让一切恢复正常运作，主机也就把NEO带走了，去哪就不知道了。所以之后的说法就是NEO用主机换回了母体的正常运作，一切又重头开始了……当母体出错的时候也许又会有新的救世主出现……
个人理解~满意的话就采纳吧~谢谢~
死了 他和史密斯以对等的方式相互抵消掉了，维持了暂时的两个世界的平衡，直到下一次平衡被打破，下一个救世主再次出现 重复这样的故事，其实你要是看懂的话先知是个和厉害的角色，她指引着一切，在一里尼奥消灭了史密斯，但是使史密斯再后来变得更强以至于威胁到了母体的存在，这为最后尼奥和史密斯同归于尽制造了条件，由于有了条件，人类和机器才有了谈判的砝码，要不然机械大军不把Zion变成肉工厂才怪呢 所以说引用黑客帝国里的一句话就是因果联系，万物有始有终……
尼奥之所以放任史密斯侵蚀是为了让机器锁定史密斯并将他删除。
4、注入的不是能量，是删除程序，因为史密斯们被锁定了，所以机器以尼奥通道注入删除程序，让史密斯们自爆了。
下面我把第2问到第4问串联起来详细解释一下：
黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他：如果你失败了怎么办？
尼奥回答：我不会失败！
因为尼奥和史密斯是互相关联的程序。
尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制。
但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他。
如果尼奥在矩阵中被杀，那么史密斯也会连带毁灭。
反之如果史密斯被杀，尼奥也会毁灭。
所以，在史密斯和尼奥的对决中，不管尼奥杀死史密斯，或者史密斯杀死尼奥，他们二者都会被摧毁。
而史密斯也预计到了这点，他依然用老办法，把尼奥复制成为自己，他认为这样就可以控制住尼奥。
可惜，他没有想到尼奥居然到达了机器城市，并且是由机器亲自接入了矩阵。
他复制了自己到尼奥的身上，也就给了机器定位并且清除他的最好机会。
所以，随着尼奥的自爆，无数史密斯随之也被消灭。
《黑客帝国》三大结局解析是；
揭示了机器人已经不仅仅再是没有情感的程序，这一家人和先知一样已经理解了什么是爱，就是愿意为对方付出一切。
所以即便这位父亲知道当矩阵完成升级后自己也将会成为非法程序被删除，他却没有和其他非法程序一样选择逃避，而是和妻子尽可能地保住自己的女儿。
所以被注入了爱的尼奥在最终的代码之源做出了和其他救世主不同的选择，就是因为给尼奥注入的程序里有“爱”。
其实主要讲的是电脑与人之间的战斗，具有矩阵革命性的《黑客帝国》三部曲第三部《黑客帝国3 矩阵革命》，终将这部描述人类与机器之战的史诗影片带向高潮的结局：锡安的军队，在志愿者泽(诺拉-基耶饰)和基德(克莱顿-华生饰)等的帮助下，将展开面对机器大军的最后一站。这一站不但关系人类最后一个基地内居民的性命，更关系到人类本身的存亡。
然而抵抗军内部早埋下不安定的因素，即被史密斯探员(雨果-维文饰)所侵入的本(伊安-布里斯饰)。变得更加强大的史密斯探员，连矩阵也无法掌控，他的存在同时威胁到真实世界与矩阵双方的存在。先知(玛丽-艾丽丝饰)给了尼奥最后的指引，尼奥虽知道她身为程序，所说之言可能只是程序的又一设计，却还是接受。
在妮奥普(贾达-平姬-史密斯饰)的帮助下，尼奥与翠妮蒂决定踏上重未有人类敢于跨越的疆域——地面上的航行，穿越焦土直到邪恶的机械之城中心。在这个机器大都会中，尼奥终于与机械世界中的终极力量相遇，并制定了唯一可能拯救世界的协定。
最终，尼欧牺牲了自己拯救了人类
我来说两句