我的理解就是：锡安也是矩阵的虚拟世界。
原因：第一：人类当电池这个理论是站不住脚的。人类都能发明出核能，存在了不知道多久的已经有意识的电脑，不可能没了阳光就没有了能源。它的技术应该已经能脱离星球了。
第二：尼奥在锡安也有超能力，这在现实中是不可能发生的，毕竟是科幻，不是玄幻，所以最大可能就是锡安也是浅一层的虚拟世界。
第三：个人认为，电脑圈养人类的目的，就是利用人类的创造性，毕竟电脑创造力不是强项，那有成千上万的人类创造力强？？圈养起来，科技才能快速发展。
总的来说，锡安已经被摧毁过几次了，作为发现了很久的电脑，不可能没有预防人类脱离掌控的措施，也不可能没有能源，也不可能是好人，还指点尼奥，不管是先知还是白胡子老头，没有帮人类的立场，别说什么先知知道尼奥是救世主，在我看来，她真的是先知，找就杀了尼奥，也别说史密斯病毒，实在没法想象，一个这么强大的电脑，会搞不定一个病毒，如果这都搞不定，它能消灭人类？？？早在机器人与人类的战争中，早就被人类植入过不知道多少万种病毒了吧……病毒大补分都能复制，这都解决不了，还消灭人类？？？最大的可能就是假的，电脑故意搞出来的战争，谁还不知道，战争是科技进步的阶梯呢………
其实造物主直接说了原因的，和尼奥的对话中说了的
1.救世主是错误的程序，没法去除，永远有救世主带领人类反抗。都有六个版本的救世主了。
2.祭师这个程序发现人类要想接受母体，就必须有选择权。否则母体就会毁了。一开始的母体一版，二版就是这样失败的。
3.既然人类必须有选择权，那么就必定有人选择不接受母体，尽管是少数人，他们就是锡安的人。所以锡安的存在是必须的。不能消除的。如果消除锡安，那么人类就不再有选择权，就不能接受母体。机器就没得活了。
什么是Zion（锡安）？
“Zion（锡安）”一词在《圣经》中，是所罗门王建造圣殿所坐落的山，位于圣城耶路撒冷。而在犹太教中，“锡安”代表着上帝的荣耀，是神的救赎来临的标志。当大地被毁灭后，人类将在锡安接受最后的审判。
在电影中，“锡安”是指那些从Matrix中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗Matrix和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。
锡安的议会结构很象古罗马的元老院，是兼有立法和管理权的国家机构，制定一切法律和制度，通过执行官进行管理。
锡安是由占据Matrix 人口总数的1%的觉醒者构成的，其中主要是以有色人种为主，尤其是议会里的议员和战舰的船长等高层人员，都是黑人。而电影中之所以这样设置锡安的人口，主要是为了体现多民族的融合与宽容，因为这是一个讲述人类对抗共同敌人的故事，人类自己首先要团结，要实现大同的理想。而从另一个角度讲，在西方主流科幻电影中，破败的未来以及非白人的世界，一直是最重要的两个视觉元素。沃卓斯基兄弟作为科幻片导演，自然会在电影中加入这两个西方电影观众耳熟能详的视觉元素。
那个说全错的未免也太激烈了吧？其实最开始的答案并没有错。锡安是被摧毁了五次，每次救世主可以救出一部分人使得人类可以继续繁衍，这样就能让机器世界在研究人类中不断改进，同时，为了不使得人类有同机器抗衡的可能，机器世界又每次在100年后毁灭锡安一次。前几个母体世界就是在这种研究中不断改进的。
那样就还会有下一任救世主，并不是真正的解放锡安。 按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
关于Matrix
Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论数学原理及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有六任救世主的原因。
按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。
特工史密斯
电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。
（史密斯和尼奥、莫非斯打斗场景）
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。
（尼奥复活后场景）
特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。
因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
参考资料：http://www.cctv.com/program/dsfys/05/01/index.shtml
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