火车站确实是矩阵世界，但这个火车站并不是那一派统治人类的机器所制造的。在地球上，机器（或者说控制机器的程序）也分成好几派，其中一派并不喜欢控制人类，也不喜欢人类这个生物，它们只喜欢程序和程序在一起。这个火车站是用来迷惑其它程序的。
至于现实世界，虽然电影中没有明确点出来，但很多人（包括本人）都认为，现实世界只是另一个更大的矩阵世界而已，而这个所谓的“现实世界”究竟是谁制造出来的，谁也不知道。尼奥也许就是因为看透了这个世界的本质，人类和机器都是在一个虚拟世界中，那么人类和机器相互之间的斗殴又有什么意义呢？还不如和平共处更好，反正大家都是虚拟的，不是真的。这也解释了他为什么能够控制现实中的机械乌贼。
随着第二集最后那个“to be concluded”的字幕，所有观众的心都被吊在了万丈悬崖边上：尼奥到底怎么啦？他怎么可能在“真实”世界里毁灭电子章鱼？他又如何能“感觉”到机器？已经侵入了班恩（Bane）大脑的史密斯又会对身处昏迷中的尼奥开展什么行动？
事实上，尼奥的身体在真实世界的飞船上处于昏迷状态，他的思维却被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界。这个地方叫Mobile Avenue Train Station，显然是个火车站，不过是梅罗纹奇的势力范围（因此不受常规母体程序控制）。尼奥醒来时遇到了一个神秘的小女孩和她的父母，还碰见了“火车人”（The Trainman），后者控制了该车站所有母体与机器世界之间的交通。
与此同时，在真实世界的墨菲斯、翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩。翠妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他管辖的地狱酒吧欣赏SM的氛围，他当然不肯交出尼奥，因此大家少不了一场激战。在佩瑟芬的帮助下，翠妮蒂他们终于将尼奥带回现实。
在最后一次和“先知”交谈之后，尼奥明白了他的使命。从这开始，故事就分两条线进行。一条是墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻；另一条线是翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器S世界的圣地——01城。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和翠妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐Hammer号回锡安。没想到偷偷醒来的班恩溜进了Logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤。历经重重机器大军的堵截，尼奥终于抵达01城。再说锡安城这边，人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU（Armored Personal Units单兵作战机甲），和250000电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗……
尼奥在01城终于得以面对“机器大帝”（Deus Ex Machina）——机器世界的真正主宰，双方展开了谈判并达成了协议。与此同时，史密斯的能力又扩充了，凡属尼奥接触过的信息他都能分享。他找到了先知的藏身之处，并将她复制成自己，在这个过程中，他也了解到了尼奥的使命。可是他不怕，并开始在母体中无限复制自己，系统危在旦夕……
和“机器大帝”达成协议的尼奥被送进了母体，而史密斯正在那里等他，两人展开了一场只属于“超人”的决斗。机器与人类，两个世界的命运都取决于这一战的结果，而最后结果是……
恐怕不能再说下去了。紫霞美眉曾经说过：“我猜中了开头，却猜不到这个结局。”对于《黑客帝国3》来讲，恐怕导演沃卓斯基兄弟也是这么设想的。没有人知道他们会在多种可能的“最终世界”中选择那一种模式。这也是电影最后的悬念。
当然，这也不是说我已经把其他所有的悬念说完了，还早着呢！例如，那个小女孩到底有何特殊和重要之处？她和先知、佩瑟芬、少年有何关系？目前网上流行的解释似乎没一个很中听的。还有，火车站和梅罗纹奇的老巢是两个不同的地方，翠妮蒂他们是如何通过找阿梅来解救尼奥脱困的？佩瑟芬的最终身份是什么？此外，还有在《黑客帝国动画版》中备受青睐的“少年”，他又会是怎样的结局？太多的疑问，注定要到上映那天才END。
至于母体的真相，根据参加完芝加哥和纽约内部试映的革命同志们介绍，我们以前所猜想的，全错了，而且错得不轻，尤其是那个“母体中的母体（Matrix in Matrix）”理论。而电影最后的答案，基本上能让绝大部分兄弟满意。
剧情简介：面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。
一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获。
锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言。这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的稳定。
在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯。于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。
扩展资料
《黑客帝国3》主要人物介绍：
1、尼奥
矩阵中，他表面是工程师，暗地是黑客。后被墨菲斯找到，并脱离矩阵来到真实世界。被告知其身份为“救世主”，使命是要解救受矩阵控制的人脱离矩阵，受到特工史密斯的百般阻挠。本集中尼奥的身体和思想意外分离，后者再度陷入到“母体”中，尼奥与特工史密斯将展开一场绝命殊死战。
2、崔妮蒂
尼奥爱人，一名逃离了矩阵的电脑程序员和黑客，因侵入一个极其安全的数据库而在黑客界闻名。是墨菲斯的助手，帮助其他人逃离矩阵。
3、特工史密斯
矩阵中的杀毒程序，他在矩阵中是没有身体的，由于是杀毒程序，所以被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。是尼奥最大的对手，本片中将于尼奥展开终极对决。
4、墨菲斯
Nebuchadnezzar号飞船上的船长。他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来。一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主。他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
参考资料：百度百科-黑客帝国3：矩阵革命
1、在黑客帝国1中，史密斯杀死了尼奥，然后尼奥杀死了史密斯，在这里出现了逻辑错误（史密斯不可能被已经死了的尼奥杀死），电脑无法修复这个错误，导致史密斯无法被杀死。只有尼奥再次被杀死，逻辑错误才解除，电脑才能删除史密斯。准确来说不是只有尼欧才能灭掉史密斯，而是尼奥导致史密斯无法被灭掉。2、先知的话里，我印象最深的就是，“如果我不说小心花瓶，你会打碎它吗？”，证明了先知不是有先知能力，而是有心理影响能力，她是一个研究人类心理的重要程序，她给设计师提供意见，选择系统就是她提议的.人只要有虚假的选择，大多都会留在母体，而选择其实是不存在的。重生后的史密斯拥有获得被他附体的程序的能力，所以知道如何获得更强大的能力，获得电脑中的高权限不是没有可能的。3、母体是一个反应曾经的人类社会的一个系统这个系统是历史的投影，为的是让人类安心成为电池，可是母体始终是一个电脑系统，是数据组成的，数据永远要求的是像1+1=2的平衡而不是1+1=3，但是现实世界不是平衡的，先知是要让系统反应现实的不平衡。说白了，先知就是要升级母体，扩大母体的兼容性。4、这个问题答案跟第一项的一样。5、母体（矩阵、Matrix）其实就是一个电脑系统就像Windows系统一样，各类程序在以母体为平台运行着。6、尼欧是一个独立程序，一个辅助系统升级的程序，用于帮助系统了解人性，学习人性，更好的改善母体的兼容性，同时是一个修复电脑错误的程序。
尼欧的世界是现实的世界，那对夫妇和那个小女孩，是生活在电脑控制的世界里的，因为电脑控制的区域没那么大。
我来说两句