严格来讲，木马和病毒是两种概念。木马是一种载体，最终的目的是把宿主程序（一般是后门程序和病毒程序）植入目标计算机。
所以你的问题的答案应该是这样的：
对于木马程序，首先应该查看系统进程（使用windows2000/xp的任务管理器或者第三方软件）中有没有异常活动的进程，如果有，仔细检查该进程的来源。
再用工具查看windows的启动项，用winxp下的msconfig或者其他工具都可以。一般木马的入口都在这里，把可疑的启动项禁止，再次启动以确认。
使用netstat程序或者其他工具查看本机的端口开放情况，对于无法确认的开放端口，察看其监听程序是否为合法软件。
最后，可以用专用工具来查杀，比如木马防线，木马克星等工具，防病毒软件在这方面的功能比较弱，但也有一定的功效。
首先，查看system.ini、win.ini、启动组中的启动项目。由“开始-运行”，输入msconfig，运行Windows自带的“系统配置实用程序”。
1、查看system.ini文件
选中“System.ini”标签，展开[boot]目录，查看“shell=”这行，正常为“shell=Explorer.exe”
，如果不是这样，就可能中了木马了。下图所示为正常时的情况：
2、查看win.ini文件
选中win.ini标签，展开[windows]目录项，查看“run=”和“load=”行，等号后面正常应该为空
3、查看启动组
再看看启动标签中的启动项目，有没有什么非正常项目？要是有象netbus、netspy、bo等关键词，
极有可能就是木马了。本人一般都将启动组中的项目保持在比较精简的状态，不需要或无大用途的项目都
屏蔽掉了
4、查看注册表
由“开始-运行”，输入regedit，确定就可以运行注册表编辑器。再展开至：
“HKEY-LOCAL-MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”目录下，查看键值中有没有自己
不熟悉的自动启动文件项目，比如netbus、netspy、netserver等的单词。注意，有的木马程序生成的
服务器程序文件很像系统自身的文件，想由此伪装蒙混过关。比如Acid Battery木马，它会在注册表项
“HKEY-LOCAL-MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下加入
Explorer=“CWINDOWSexpiorer.exe”，木马服务器程序与系统自身的真正的Explorer之间只有一个字母
的差别！
通过类似的方法对下列各个主键下面的键值进行检查：
HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServices
HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
如果操作系统是Windows NT，还得注意HKEY-LOCAL-MACHINE\Software\SAM下面的内容，如果有项目，那极有可能就是木马了。正常情况下，该主键下面是空的。
当然在注册表中还有很多地方都可以隐藏木马程序，上面这些主键是木马比较常用的隐身之处。除此之外，象HKEY-CURRENT-USER\ Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run、HKEY-USERS\****\Software\ Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run的目录下都有可能成为木马的藏身之处。最好的办法就是在HKEY-LOCAL -MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run或其它主键下面找到木马程序的文件名，再通过其文件名对整个注册表进行全面搜索就知道它有几个藏身的地方了。
如果有留意，注册表各个主键下都会有个叫“（默认）”名称的注册项，而且数据显示为“（未设置键值）”，也就是空的。这是正常现象。如果发现这个默认项被替换了，那么替换它的就是木马了。
4、其它方法
上网过程中，在进行一些计算机正常使用操作时，发现计算机速度明显起了变化、硬盘在不停的读写、鼠标不听使唤、键盘无效、自己的一些窗口在未得到自己允许的情况下被关闭、新的窗口被莫名其妙地打开.....这一切的不正常现象都可以怀疑是木马客户端在远程控制你的计算机。
如果怀疑你现在正在被木马控制，那么不要慌张地去拔了网线或抽了Modem上的电话线。有可能的话，最好可以逮到“黑”你的那个家伙。下面就介绍一下相应的方法：
由“开始-运行”，输入command，确定，开一个MS-DOS窗口。或者由“开始-程序-MS-DOS”来打开它。在MS-DOS窗口的命令行键入“netstat”查看目前已与本计算机建立的连接。如下图所示：
显示出来的结果表示为四列，其意思分别为Proto：协议，Local Address：本地地址，Foreign Address
：远程地址，State：状态。在地址栏中冒号的后面就是端口号。如果发现端口号码异常（比如大于5000
），而Foreign Address中的地址又不为正常网络浏览的地址，那么可以判断你的机器正被
Foreign Address中表示的远程计算机所窥视着。在对应行的Foreign Address中显示的IP地址就是目前非
法连接你计算机的木马客户端。
当网络处于非活动状态，也就是目前没什么活动网络连接时，在MS-DOS窗口中用netstat命令将看不
到什么东西。此时可以使用“netstat -a”,加了常数“-a”表示显示计算机中目前处于监听状态的端口
。对于Windows98来说，正常情况下，会出现如下的一些处于监听状态的端口（安装有NETBEUI协议）：
如果出现有不明端口处于监听（LISTENING）状态，而目前又没有进行任何网络服务操作，那么在监听该
端口的就是特洛伊木马了！如下图所示的23456和23457端口都处于监听状态，很明显是木马造成的。
注意，使用此方法查询处于监听状态的端口，一定要保证在短时间内（最好5分钟以上）没有运行任何
网络冲浪软件，也没有进行过任何网络操作，比如浏览网页，收、发信等。不然容易混淆对结果的判断。
查看电脑是否入侵，是否留有后门：
1、查看任务管理器--进程，是否有可疑程序。查看详细信息是否有可疑程序。必要时详情中点击程序右击打开文件所在的位置看看，再右击程序属性看创建日期及修改日期，看是否最新更新过系统或驱动，没有就要注意了。
2、win+R --cmd--输入：netstat -ano 看是否有可疑IP在进行外网链接，状态中后面数字为pid 。
解释：
listening：端口在监听，等待连接但是未连接；
time wait状态：曾经有过连接但当前断开了，最后一次连接状态。
established状态：连接中。
fin_wait_2：第二次fin应答状态。
close_wait： 已关闭连接的状态。
fin_wait： 关闭连接发fin应答状态。
3、看时间查看器--windows日志--系统，安全--信息--下部的常规--看服务文件名是否有可疑程序。
4、明知道是木马，杀毒不了，建议备份数据后重装电脑，加强防火墙及端口权限。不要浏览没有icp备案、不良信息的网站，
5、平时使用电脑比较快，看文件视频浏览网页不卡，但是遇到突然网页卡死或无网络、网络非常慢等要检查网线是否正常后查看是否被攻击。被攻击后建议备份数据重新装系统。
防止入侵:
1、加强防火墙管理。
2、加强端口进出入站规则。
3、加强远程权限管理。
4、加强共享文件管理。
5、不看不良网站。
其他命令:
1、通过端口找pid：netstat -aon|findstr "8008"；
2、通过pid找程序：tasklist|findstr "3306"；
3、查看ip，端口， pid信息：netstat -ano。
系统运行缓慢、打不开网页、杀毒软件自动关闭、打不开任务管理器等、上不了网、杀毒软件生不了级、word文档打不开，电脑不能正常启动、硬盘分区找不到、数据丢失等等，就是中毒的一些征兆。
1、按Ctrl+Shift+Ese键（同时按此三键），调出windows任务管理器查看系统运行的进程，找出不熟悉进程并记下其名称（这需要经验），如果这些进程是病毒的话，以便于后面的清除。暂时不要结束这些进程，因为有的病毒或非法的进程可能在此没法结束。点击性能查看CPU和内存的当前状态，如果CPU的利用率接近100%或内存的占用值居高不下，此时电脑中毒的可能性是95%.
2.由杀毒软件判断是否中毒，如果中毒，杀毒软件会被病毒程序自动终止，并且手动升级失败……杀毒
3查看系统文件夹winnt（windows）system32，如果打开后文件夹为空，表明电脑已经中毒
4.安装了杀毒软件不能上网升级。
解决方法：安装正版杀毒软件，查杀清除
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