只要你的网站做了备份就可以恢复 不过之前要找出网站漏洞！！！
这个不彻底检查一下的话是说不准的：
1.还是程序里面有问题，导致自动会删除 或者 删除某条的时候同时删除了另外一条
2.和木马、病毒有关，倒是删除
3.你的网站空间质量不行，可能服务器硬盘已经快坏了，导致文件丢失
建议你可以在我这里买一个空间用，我这里都是高品质的空间，而且我也可以帮你查一下程序、木马
你没有备份数据？做站长的要勤于备份数据，万一网站数据被破坏了还可以恢复。不单要备份数据库数据，其它数据也要备份，虽然麻烦了点。你所说的问题都可以通过备份数据恢复。当然，如果网站程序是你自己编写的，哪里被修改你用一下也应该知道，你改回来不就行了。如果是用别人的程序，你上传该网站程序到服务器，导入备份的数据库数据，把你以前对程序做的修改也重新做过一遍，这样也跟原来一样了。如果你的是大型网站，当被入侵，建议马上报案！
网站数据被篡改了首先检查下程序目录有无可疑脚本木马,再看下图片目录有无脚本文件如php asp后缀的，在看下有无被sql注入 一般都是通过sql注入进行的篡改数据,很多网站都是因为安全没做到位导致被入侵 导致数据被篡改 可疑找Sinesafe做安全处理进行漏洞修补以及代码审计。
我来说两句