排除第三个问题（一楼回答很好，不用赘述）
其他三个问题包括补充的提问我放在一起说了：
首先，不知道LZ知不知道一个解释：锡安也是机器人世界制造出的幻觉，片中用绿蓝两种颜色的数据流来分别了，那么我们首先在这个前提上讨论你的几个问题：1.容易理解，因为还在虚拟程序中，尼奥的实力在对抗乌贼时升级，起初他的能力只能凌驾Matrix层面，现在可以凌驾两个层面即Zian层面，这才是他与其他the one的最大区别。
2、4和补充问题：回答这些问题也有另一个前提：不知道LZ想没想过，先知为什么要帮助人类，以及她真的是在帮助人类吗？作为机器世界的一段程序，先知一反常态如果没有合理解释可能吗？当然不可能。那么答案很明显她的动机还是为了机器世界。在解释这个之前，我们来明确下电影中人物所代表的深层角色：建筑师是统治者，他决定世界的走向，维持世界的和平。墨菲斯等人是意图颠覆世界建立新秩序的革命派。法国佬等人代表失势的守旧贵族派，但还是颇有实力底蕴的，而且我觉得他在之前很可能也是革命派，他妻子就说过他很久以前像尼奥，只是后来跟统治者苟合堕落了。最后，先知呢？是改革派，建筑师用救世主的谎言一次次让收集Matrix系统BUG的the one来到主机为Matrix系统打上补丁，并重启Zian系统（就是那个几个男的十几个女的重建Zian），而先知，这个激进的改革派，她想让整个Matrix系统重装完成最大限度的升级。而这是一个完全确定的前提，或者说结论，所以先知引导尼奥，为了完成对Matrix彻底革新（补充问题）。所以，为了达到目的，先知不惜以自己作赌注，建筑师最后也说她的游戏很危险（问题4）。所以，系统已经完成重装的升级，以后什么情况不好说（问题2）。
然后，说回来，推翻第一个前提，即Zian不是机器世界的虚拟系统，(不好意思这两天生病)那么尼奥一样是超越两个层面，那他不是黑客帝国最高生命体了？我觉得差不多了，但是他还是要和机器世界妥协。本人哲学功底不够，听说这里有一个多层面理论可以解释，我不大懂不过我用科学的维面理论解释觉得也差不多，尼奥等级高不代表他就无敌，所以还要和机器世界妥协。其实解释楼主的问题跟前面差不多，不一样的是如果Zian不是机器世界的虚拟系统，那尼奥的斗争可以说是真正胜利了，那么第二个前提岂不是站不住脚了？我觉得不是，先知的出发点在于升级Matrix系统这没有疑问，让人类自由选择是她在之前改造Matrix就已经在实行的了，那么让这种选择最大化到人们可以自由选择真实与虚幻也许是她认为的对Matrix的最大化升级。尼奥知道了，他与先知各取所需。
其实我觉得沃卓斯基兄弟（现在应该是姐弟了）的意图应该倾向于前一种，但是真正伟大的作品不正是让后人作出比作者更为深刻的解读吗，伟大作品的意义在于提问与启迪。我们的导演总是在讨论未来可能出现的人类对待机器智能的问题，而沃卓斯基提出的是在机器智能主导的文明中怎样对待人类的问题。从这个角度讲，《The Matrix》真是一部艺术性与思想性都极为出色的影视作品。
完
没有完美的程序和系统,总是会有bug出现然后扰乱矩阵的稳定,而救世主就是被工程师创造出来收集bug程序,最终反馈并完成系统升级的程序.
工程师的意思是没有完美的等式,而尼奥就是那个不对等的部分.以杀毒软件的能力是无法删除尼奥的(1里面尼奥就曾经被杀死)
电影结束时的对话表明新矩阵比前几代更稳定,但是小女孩的能力也说明了变量已经出现.
救世主和矩阵一样,一代矩阵一代救世主,除非矩阵完全稳定(不太可能)
1.特工是黑客帝国中的自由程序，比较暴力可能是因为他们的任务是消除对黑客帝国不利的人，所以表现的无所顾忌吧。高速路上那个镜头应该是导演为了刺激观众肾上腺素故意设计的吧，以致大家诟病特工的暴力，情何以堪啊！
2.因为建筑师要维持黑客帝国的平衡，他也不能随便改变黑客帝国，不能违反黑客帝国的基本规则，否则可能造成系统崩溃。尼奥的超能力一是因为自身携带的救世主程序，二是救世主程序为他收集的黑客帝国系统BUG。而建筑师维持系统平衡的结果就是史密斯的出现（注意！是因为尼奥史密斯才变异的），中国人有句老话：解铃还须系铃人。所以只有尼奥能消灭史密斯。
简单来说Matrix作为一个系统一定会出现BUG，而这些BUG积累到一定量就会引起系统的崩溃。所以尼欧作为“那个人”的目的就是把系统所有的BUG集中在自己身上，从而在BUG积累到极限时将其重置而不至于失控。所以尼奥这个人的力量是不遵循设计师所拟定的平衡法则而受到限制的。但是先知在史密斯（你说的墨镜大叔）死后又复活了他，并把他和“那个人”尼奥放在了同一条等式里。这样问题就来了：尼奥的作用是把所有的BUG集中在自己身上从而使Matrix的等式关系依然完美，但是先知这么一来就把这些BUG又重新带回了Matrix。这样显而易见的：史密斯（墨镜大叔）的能力随之而变强，并导致了系统的崩溃。
正如上文所言，尼奥和史密斯是等式的两端（换言之史密斯是尼奥的负数），尼奥被毁灭导致史密斯的存在性直接被否定。所以Matrix一切还原，最后和尼奥打的史密斯就是先知变的，所以史密斯不存在之后自然恢复成先知。至于为什么偏偏是先知变的史密斯和尼奥对决——你注意到一个细节了吗？史密斯冲进先知住所，把先知变成自己之后站起来哈哈大笑。这是因为史密斯在转化先知之后就知道了先知的代码，从而获得了先知的预测能力。但是先知骗了史密斯，因为那时史密斯只看到第三部结尾时尼奥躺在地上，而史密斯站着。这并没意味着史密斯会赢，因为当他战胜尼奥的时候他自己也就不存在了。这是先知给史密斯下的套，史密斯被先知复活并作为尼奥的负数有了毁灭一切的目标，但是这个“一切”却包含了史密斯自己，也就是说史密斯不惜毁灭世界来达成目标但是他的目标事实上却是自杀。所以史密斯说不公平。就像一个高中生天天只睡五小时每天做题做题学得半死不活，顺理成章的拿了高考状元，当他正高兴的时候各大学招生负责人突然告诉他状元视作零分录取从第二名算起，史密斯当时大概就是这种心情吧。
并不是恢复 而是革新 尼奥并不是真正意义上的救世主 他的功能就是一个升级程序 当矩阵出现各种错误濒临奔溃时 他才会出现 然后把代码带回给设计师 让矩阵升级 而史密斯是一个病毒 矩阵无法获得他的代码 所以尼奥以这个为条件换来和平 也就是矩阵里的人可以选择自由了
看完黑客帝国4，第一感受的确不是很好，但还是会有一种意犹未尽的感觉。
毕竟和前3部的上映已经间隔了太长时间，剧情的衔接难免会有一些断层。这篇文章的回答主要分为2个部分：
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理；
2、黑4中部分剧情问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么矩阵还会继续存在？机器反悔了？
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
（6）为什么许多程序没在版本迭代中被清理掉？
（7）为什么尼奥很年轻？
引言：黑客帝国的本质就不是商业片，而是包裹了一层商业皮的文艺电影。它的科幻感更多是一种包装，来为沃卓斯基姐妹的世界观保驾护航。
时隔20年的重启，这20年间信息技术发生了革命性的变化，而人类社会因此而生出更多的选择和想法，也与1999年完全不同。这种变化改变了导演，而她真实的想法在这一部中自由地体现了出来。人类靠爱来维系，靠理解来发展进步。一成不变，守旧封建的思想禁锢向前的脚步，所以过去的Zion只能成为历史，执着于曾经传说的墨菲斯也终究成为了过去。
黑客帝国的核心元素从来就不应该是墨镜和黑风衣，还有炫酷的动作设计，这些是附加的漂亮外衣，它内体，如同被粘稠的培养液浸泡着的漂亮躯体，以及所有awake people，他们的选择。从来没有选择，所有的选择都是你以为你有选择，而你早就已经做出了选择，而你需要做的是理解你的选择。这种使命感和归宿感在这一部更为明显得表现出来。崔妮蒂一定会选择相信尼奥，尼奥一定会选择拯救唤醒崔妮蒂。
在影片的中后段，大反派“分析师”（the analyst）终于说出系统复活尼奥与崔妮蒂的目的——用爱发电。两人当年的行动多么轰轰烈烈，对系统造成了不小的伤害，但系统可以反过来利用这种能量。他们把尼奥和崔妮蒂（蒂芙尼）设计成互相倾慕而不可得的关系，让两人之间“爱”的能量永远处于满值却又不溢出（对系统造成危险）的状态、做矩阵的情感劳工——两人如同视频网站上做夸张反应的up主或为女主播刷火箭的观众，连结似有若无，不断生产并维持着能量供系统去驱使利用。
人类和机械，究竟差距在哪呢？人类的智慧创造出了机械，催生出来了人工智能，甚至能够让机器学会思考。机械能够在物理意义上远超过人类，一旦其不再为人类而服务，人类将陷于低生活被反过来奴役的境地，能够拿出来与之决斗的砝码，便只有情感、信仰、希望。这是人类区别于机械的最高级的存在。机械不会有感情，不会相信奇迹，不会有希望，不会有强大的意志力，100%的理性，而进步的变革需要不理智的火花去点燃进程。
1、黑客帝国4剧情主线解析梳理：
首先我们回顾一下黑3的剧情，在黑3中，机器大军最终定位了人类最后的城市“Zion”，并派遣机器大军攻城，具备“自由意志”的人类(Human)与机械大军（the Machine）在锡安（Zion）发生激烈战争。
由于战力相差悬殊，眼看人类就要灭族，救世主尼奥（the One）以彻底清除史密斯变异病毒为条件，要求机器大军撤军，与人类维持和平。尼奥自认为最终与机械达成共识，在母体内部与史密斯发生激烈战斗。
最终尼奥选择了自我牺牲，清除了病毒史密斯，同时，机器大军撤军，锡安得以保留，矩阵承诺带给所有人真相（主要指仍然在矩阵中的未觉醒的人类），母体迎来了耀眼的日出。（注意，在这个过程中，尼奥的爱人崔妮蒂也阵亡了。）
黑4的剧情发生在黑3事件60年之后，时间来到23世纪下半。
黑4开头，还是熟悉的音乐，熟悉的配方
这里很明显是在致敬黑1，崔妮蒂和墨菲斯说过同样的话“You were right”,画面也似曾相识
影片开始，一个黑夜，一名黑衣人像崔妮蒂一样被追杀。
不同的是，更多的黑衣人出现，最终抓住了假崔妮蒂，引来了巴戈斯（Bugs）。（没错，他的名字就叫BUGS，不言而喻。）
一群黑衣特工对巴格斯紧追不舍，
巴格斯逃到一个布满钥匙的房间，这里也是暗示这个房间会有些奇怪的后门。
果然，关键时刻，神秘黑衣特工开后门解救了巴格斯。
这里又是一大段对白以及截图，从这里我们能了解到非常多事。
墨菲斯没死，变成了程序得以保存，而且还通过某种方式覆盖到一个特工程序身上，导致一个特工叛变，这个叛变特工名字叫史密斯。
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（这个黑人小哥亲口承认自己是墨菲斯，再次开始寻找尼奥，外形更加年轻强壮，但是和墨菲斯有几分相似，可以猜测就是年轻状态的墨菲斯，请忽略战五渣翻译）
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可以对比下，外形确实很相似。
（2）尼奥没死
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巴格斯第一眼看到的外形其实并不是尼奥，而是另一个人，暗示尼奥的外形发生了变化，应该是被重新编程了，但是巴格斯说他擅长监听，虽然尼奥此时没有觉醒，仍然受到了救世主的影响发生觉醒。
黑衣特工在巴格斯的劝说下，吃下红色药丸，成为墨菲斯，肉体以拟态的方式存在于现实中。
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最后两人开启水面通道，成功摆脱特工追杀。
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镜头切换，一个长相酷似尼奥的人（姑且继续称他是安德森）在做游戏开发，（似乎还是个VR游戏。）
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可以看到他开发的游戏就是黑客帝国，而且还得了很多奖，游戏最早发布时间就是1999年。
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这时游戏系统忽然出现了BUG,出现BUG的地点刚好就是刚才巴格斯救墨菲斯的地方。这里我们很容易联想到刚才发生的一切是不是只是游戏场景。
之后安德森和同事裘德一起喝咖啡闲聊（这人叫JUDE,和犹大同名，暗示不是啥好货），碰到一个酷似崔妮蒂的人上前搭讪，得知对方叫蒂芙尼，已婚带俩娃，老公叫查得。
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聊完回办公室发现，刚才出BUG的模块消失且被清理。
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之后安德森被老板叫去办公室，聊到第一次见面有种被FBI审讯的感觉，加上闪回，可以推断这个老板就是史密斯。
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这里还同时调侃拍黑4就是因为市场难做，为了骗钱，不管有没有之前的演员都非拍不可- -
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聊完安德森觉得又分不清现实和虚拟世界的边界了，于是去找心理咨询。（这心理咨询师的眼镜都是蓝色的，和蓝色药丸颜色一致，暗示心理咨询师是矩阵系统的组成部分）
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心理咨询师给安德森开了一大瓶蓝色小药丸，嘱咐药不能停。安德森吃了药之后就开始继续无聊的游戏开发生活。
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这句话的大概意思是“埋葬现实比处置梦想要简单的多”
随着游戏开发的深入，安德森对世界越发感到怀疑，开始停药，同时在咖啡馆多次偶遇蒂芙尼。
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大楼偶发事故，让安德森碰到了墨菲斯，安德森对墨菲斯的长相大为震惊，因为和他游戏里编辑的人物长相完全一致。
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大量警察到来，打断了他们的谈话，火拼在所难免。
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换皮史密斯出现，带着标志性动作成功追杀安德森，安德森被系统重置，安插了一段其他的记忆。
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安德森大脑彻底被搞残，在准备尝试飞行（跳楼）之前被赶来的巴格斯救下。
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终于成功救出安德森，安德森再次成为尼奥。
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苏醒后的尼奥发现崔妮蒂没死，而且就在他的培养皿旁边。
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巴格斯带着尼奥回到人类城市IO，见到了老朋友奈奥比
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奈奥比告诉尼奥，黑3之后，大量人类觉醒，机器能源不足，部分机器人觉醒自由意识，内部发生战争。
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同时，墨菲斯高票当选理事会主席，拒绝和机器人建立任何合作，一部分人类认识到仅仅依靠现存力量永远无法打败机器，所以离开了ZION，重新建立了新的城市IO。
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尼奥恳求奈奥比帮助营救崔妮蒂遭到拒绝，于是偷偷和巴格斯联系准备自己去救。
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再次进入矩阵的尼奥刚走两步就遇到了换皮史密斯
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通过对话得知，尼奥的心理医生就是新任矩阵管理员，而史密斯还是想伺机报复矩阵
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史密斯找来一群老熟人，冲突在所难免。这个老熟人就是黑3中搞色情派对的古老程序法国佬
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只不过这货现在衣衫褴褛，似乎穿着他的下属火车人的衣服，或许也就是通过这种方式躲过了系统的清除？
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尼奥一个气功波让史密斯领了便当，其他喽啰应声而退。
终于，尼奥找到了崔妮蒂，但是分析师也同时赶到。
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现在的矩阵有了更可怕的控制力，可以让时间短暂倒退以及静止。
原来当年在尼奥消灭了史密斯之后，矩阵为了研究尼奥和崔妮蒂，治疗好了崔妮蒂和尼奥的伤势，并进行各种折磨。
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后来发现，只有将两个人放在一起，但是又不能相认，这样周而复始就催生欲望和恐惧，这就是人类的本性，就是现实世界最本质的特点，引入这样的机制甚至能推动矩阵完美运行。
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这里还能看到，这个分析师已经不是之前的分析师了。前任被他推翻并干掉了。
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并且这个分析师喜欢使用“集群模式”来维护矩阵稳定，集群和特工是同时存在的，可以看到，集群就是非常多的机器人角色，可以理解为矩阵中的披着人皮的AI,这种人战斗力虽然不强，但是人数众多。
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通过这样的方式促使矩阵完美的运行了很多年，发电量比之前还要高出很多，在培养皿中的人类几乎都不怎么捣乱了，用分析师的说法就是“比猪都快乐”
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简而言之，尼奥和崔妮蒂两个人在一起才能更好的发电并控制人类，如果尼奥不乖乖自己回培养皿，分析师就杀掉崔妮蒂。
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尼奥只能先乖乖的先撤回IO。这时，机器盟友找到了尼奥。
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原来，机器盟友的首领就是先知和上一任总工程师的女儿，她的父母都被现任分析师杀掉了，所以和现任分析师结下了梁子。于是她提出了营救计划，协助一起营救崔妮蒂。
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尼奥再次回到矩阵，恢复了崔妮蒂的记忆。分析师使用时间静止能力打算杀掉所有人
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关键时刻史密斯来找分析师寻仇，一顿操作猛如虎打残了分析师，崔妮蒂成功被救走。
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逃跑的路上遇到大量集群，关键时刻崔妮蒂觉醒了飞行能力救出所有人，全片结束
2、黑4中部分剧情和前作的关联，以及问题解析；
（1）矩阵还存在吗？为什么机器人反悔？
还存在，但已经不是之前的矩阵了。很明显总工程师承诺给人类自由，停止战争，导致机器世界资源紧缺，一部分人心生不满，篡位夺权引发战争，总工程师被杀，矩阵再次运行，而且发电量更大，控制了更多的人类。但是机器世界也发生了分裂，一部分机器和人类结盟。
（2）年轻版的墨菲斯从哪来的？
通过墨菲斯和巴格斯的对话可得知，矩阵应该是通过某种方式保存了老墨菲斯的部分意识，通过清洗利用改造成了特工（矩阵经常干这种事，所以这个猜测很合理），结果很墨菲斯自然觉醒，开始继续一边假扮特工一边寻找尼奥。
（3）为什么矩阵中的场景会实时反映在尼奥制作的游戏中？
我们可以看到，影片开头巴格斯救墨菲斯的地方，和黑客帝国游戏出BUG的地方是一致的。
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而尼奥第一次见墨菲斯的时候大为震惊，因为和他游戏中的角色形象完全一致，这就代表游戏中发生的事情很可能在现实中也发生过。
其实是巴格斯黑了安德森的系统，将这段剧情加入到了安德森的游戏里面，用来告诉安德森实际已经发生的事情。
（4）为什么一直找不到尼奥，花了60年？
因为尼奥在黑客帝国里的映射形象一直在发生变化，包括容貌声音等等，而且这种变化是彻底的，周围人自然的态度会帮助映衬这种变化，所以导致人类很难准确定位尼奥。
（5）为什么史密斯可以无视分析师的时间静止能力？
这里史密斯自己的解释是：“一但尼奥离开了矩阵，我就自由了。”我的理解是史密斯和尼奥类似于杀毒软件和病毒的关系，而且都版本更新很多代，一但尼奥不受矩阵控制，史密斯就可以绕过任何防御程序对其他程序进行感染。
（6）为什么很多程序没有在版本迭代中被清理掉？
首先不要小瞧矩阵的自我净化能力，先知和总工程师这样的人物都可以被清理。
其次，要对机器世界有深刻的理解，机器世界已经进化到每个机器也有自由的思想和意识，每个机器的想法并不都是一样的。
另外，有些程序没有被清理不是系统不想清理，而是很难清理，参考史密斯，可以随便换皮，程序太多了，系统很难定位
最后，有些程序不清理是因为核心代码有用，比如墨菲斯，可以当特工，程序重新写一下就能用。
（7）为什么尼奥很年轻？
因为时间流逝在矩阵里和现实中是不一样的，身体一直泡在那个新发明的培养仓中可以活的更长久。
我来说两句