史密斯在被尼奥终结后由于悖论（因为在尼奥终结史密斯前是史密斯杀了尼奥，而尼奥的“复活”又是程序设定以外的，所以本应该按程序已死的人反而杀死了杀他的人，这样系统就陷入一个死循环，既编的系统程序无法计算出史密斯被死人终结的结果，于是拒绝删除史密斯）成了一个病毒程序，他感染了先知程序，把先知程序变成了自己病毒程序的一个拷贝——就好像我们现在电脑里的正常文件被病毒感染后转成了病毒的帮凶一样。
尼奥被史密斯复制后获得了史密斯的原始代码，这样系统就可以通过把他们两个一起删除（就是计算为他们两个一起死亡）来结束系统死循环。也就是我们现在的杀毒＋修复Bug，把被感染的程序恢复到原样。于是被感染的先知程序就恢复原样了。
尼奥之所以放任史密斯侵蚀是为了让机器锁定史密斯并将他删除。
4、注入的不是能量，是删除程序，因为史密斯们被锁定了，所以机器以尼奥通道注入删除程序，让史密斯们自爆了。
下面我把第2问到第4问串联起来详细解释一下：
黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他：如果你失败了怎么办？
尼奥回答：我不会失败！
因为尼奥和史密斯是互相关联的程序。
尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制。
但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他。
如果尼奥在矩阵中被杀，那么史密斯也会连带毁灭。
反之如果史密斯被杀，尼奥也会毁灭。
所以，在史密斯和尼奥的对决中，不管尼奥杀死史密斯，或者史密斯杀死尼奥，他们二者都会被摧毁。
而史密斯也预计到了这点，他依然用老办法，把尼奥复制成为自己，他认为这样就可以控制住尼奥。
可惜，他没有想到尼奥居然到达了机器城市，并且是由机器亲自接入了矩阵。
他复制了自己到尼奥的身上，也就给了机器定位并且清除他的最好机会。
所以，随着尼奥的自爆，无数史密斯随之也被消灭。
1.第一集的tank扮演者不愿出演第二部，所以换人了
2.先知的扮演者坐飞机失事了，不得已只好换人，电影里解释成换了躯壳逃避追捕
3.第二个问题太复杂，你可以去看一下百度的黑客帝国吧，或是一下这个帖子
http://tieba.baidu.com/f?kz=504375440
我个人感觉，先知是被迫的。
先知很早以前就知道这个结果了，先知做了一些自己无法预测的选择，其实如何能预测也就不叫选择了。
先知做了选择后，就要承受风险，其中一个就是可能牺牲。所以先知被史密斯同化是完全不可避免的。
而先知淡定的接受史密斯同化，是因为他早就算到了。这是必然法的结果，只能靠尼奥去解救自己。
电影中先知解释过了，史密斯病毒已经变得太过强大，先知只能躲着他了，而最好的躲藏方式就是要把相貌改变。
而实际幕后的原因是，在一、二集中扮先知的老太太，第三集还没来得及演呢，就因为癌症去世了，所以只好另外换人，并在剧本中安插这么一段。
电影中，她亲自向墨菲斯一行人解释了相貌，后来法国人梅罗纹加也说到“那个老太婆现在肯定换了一副皮囊。
楼主是黑迷的话,到我们 黑客帝国吧 来问
不是黑迷的话,你也不用问了,在百度知道是问不明白的.
简单说一下
先知的计划就是引导Neo,根据楼主的问题,就是被Smith复制,顺便说一下,Smith的诞生就是先知在第6版Matrix作出的与前5个Matrix不同的选择.她选择使人类和机器共生,要做到这一点,Neo必须有和机械大帝谈判的筹码,那就是Smith.
先知本身不是必须被复制的,但她创造的Smith却必须要有控制一切的野心.也就是说,她如若不必被复制也可以完成Neo之路,她完全可以不被复制,但她没有这个选择.但这不是设计师所说的冒险,真正的冒险是:如果Smith打败Neo(这里的打败不是说把Neo打死,而是说不必使出最后的那招--复制)那全世界就由Smith控制,会造成Matrix,Zion的一起毁灭.简单地说,就是地球上一切智能形式都会消失.
我在写这些的时候,认为99%的可能,楼主会更糊涂了.没办法,如果靠几百个字就能说清楚黑客帝国,世界上哪来这么多的黑迷.
作为一部黑客电影，上面的人物大部分都是程序。而史密斯是一种病毒。可以这样理解：先知是程序，而史密斯这种病毒感染了她。尼奥把史密斯打败以后就相当于把先知身上的病毒清除，先知就回来了。
你问的问题，几千字都解释不了，我只能简单说说
1.佩瑟芬是公爵梅罗纹奇的妻子，梅罗纹奇是MATRIX系统内的又一个超级神秘人物，他把自己象“先知”那样隐藏在系统中，如同回收站，收集非法程序，同时他也拥有改写系统程序的能力。但是，他并不是站在NEO这边。他住在矩阵系统内的一座城堡里，沉迷于一切奢华的东西。然而，他唯一缺少的便是感情；俗话说，得不到的才是最好的，他也最热衷于沉迷在感情的虚像里。佩瑟芬是这样一位Dracula公爵似人物的妻子。熟悉希腊神话的同志们都知道，佩瑟芬乃希腊神话中的“丰饶之神”，是主神宙斯和女神底米特之女，后来该仙女在玩耍的时候不小心被冥王哈第斯绑架，半推半就地做了后者的王后。电影中的佩瑟芬极其性感迷人，虽然她本身没有感情，但是只要她接触了某人，就会立刻感知对方的内心世界。但是她具体有什么能力，电影没说
2.史密斯感染了先知当然更强了，设计师都拿他没办法，只好让尼奥上马，玉石俱焚，但先知毕竟是主程序之一，事实上史密斯没有“消化”掉她，所以死了之后，先知的躯体又显露出来，史密斯感染先知后有了预知能力，可能感觉自己最后的失败，所以害怕
3.先知的扮演者飞机失事死了，所以换人，电影里就说她为了逃避机械城主的追杀换了躯壳
4.女孩是两个机械城程序的下一代，她也有主程序的代码，用我们的话说，是属于基因突变的天才，你说的继任者什么的电影均没有说明
5.这个问题太复杂了，牵涉到锡安的真实存在性，其实整部电影没有没有什么所谓虚拟和现实，都是虚拟的，锡安也是 我只能说，没有和平，历史将不断重现，因为这就是程序本身设计的
关于锡安的真实性，感兴可以参考这个帖子
http://tieba.baidu.com/f?kz=528817605
最后我想说一下，黑客帝国的动画很好，能解释很多东西，是电影的一个补充，比如里面有一部全3G动画，超炫，而且还是黑客3的前传
我来说两句