排除第三个问题（一楼回答很好，不用赘述）
其他三个问题包括补充的提问我放在一起说了：
首先，不知道LZ知不知道一个解释：锡安也是机器人世界制造出的幻觉，片中用绿蓝两种颜色的数据流来分别了，那么我们首先在这个前提上讨论你的几个问题：1.容易理解，因为还在虚拟程序中，尼奥的实力在对抗乌贼时升级，起初他的能力只能凌驾Matrix层面，现在可以凌驾两个层面即Zian层面，这才是他与其他the one的最大区别。
2、4和补充问题：回答这些问题也有另一个前提：不知道LZ想没想过，先知为什么要帮助人类，以及她真的是在帮助人类吗？作为机器世界的一段程序，先知一反常态如果没有合理解释可能吗？当然不可能。那么答案很明显她的动机还是为了机器世界。在解释这个之前，我们来明确下电影中人物所代表的深层角色：建筑师是统治者，他决定世界的走向，维持世界的和平。墨菲斯等人是意图颠覆世界建立新秩序的革命派。法国佬等人代表失势的守旧贵族派，但还是颇有实力底蕴的，而且我觉得他在之前很可能也是革命派，他妻子就说过他很久以前像尼奥，只是后来跟统治者苟合堕落了。最后，先知呢？是改革派，建筑师用救世主的谎言一次次让收集Matrix系统BUG的the one来到主机为Matrix系统打上补丁，并重启Zian系统（就是那个几个男的十几个女的重建Zian），而先知，这个激进的改革派，她想让整个Matrix系统重装完成最大限度的升级。而这是一个完全确定的前提，或者说结论，所以先知引导尼奥，为了完成对Matrix彻底革新（补充问题）。所以，为了达到目的，先知不惜以自己作赌注，建筑师最后也说她的游戏很危险（问题4）。所以，系统已经完成重装的升级，以后什么情况不好说（问题2）。
然后，说回来，推翻第一个前提，即Zian不是机器世界的虚拟系统，(不好意思这两天生病)那么尼奥一样是超越两个层面，那他不是黑客帝国最高生命体了？我觉得差不多了，但是他还是要和机器世界妥协。本人哲学功底不够，听说这里有一个多层面理论可以解释，我不大懂不过我用科学的维面理论解释觉得也差不多，尼奥等级高不代表他就无敌，所以还要和机器世界妥协。其实解释楼主的问题跟前面差不多，不一样的是如果Zian不是机器世界的虚拟系统，那尼奥的斗争可以说是真正胜利了，那么第二个前提岂不是站不住脚了？我觉得不是，先知的出发点在于升级Matrix系统这没有疑问，让人类自由选择是她在之前改造Matrix就已经在实行的了，那么让这种选择最大化到人们可以自由选择真实与虚幻也许是她认为的对Matrix的最大化升级。尼奥知道了，他与先知各取所需。
其实我觉得沃卓斯基兄弟（现在应该是姐弟了）的意图应该倾向于前一种，但是真正伟大的作品不正是让后人作出比作者更为深刻的解读吗，伟大作品的意义在于提问与启迪。我们的导演总是在讨论未来可能出现的人类对待机器智能的问题，而沃卓斯基提出的是在机器智能主导的文明中怎样对待人类的问题。从这个角度讲，《The Matrix》真是一部艺术性与思想性都极为出色的影视作品。
完
关于3楼同志的解释
这里有几点不同意见
1 matrix翻译过来是母体/电子矩阵 在影片中体现出来的是整个系统程序 在matrix全3部中没出现超出系统程序之外的世界 从虚拟人类世界到虚拟人类世界的人类所看到的机器世界 从视觉上纯机器世界到电影里地下城Zion 包括Neo所看到工程师都是系统的一部分 这样才能解释为什么尼欧在机器世界里仍然可以空手废章鱼
2 史密斯在1中是类似管理员功能的一种维序程序 如3楼所说不是杀毒程序
在被NEO粉碎后（即被matrix中另一个基本程序破坏）没有完全从系统清除 成为冗余代码 变性成为病毒
3 见问题1 都是在矩阵中 工程师形象只是系统制造者（造物主）在matrix中以自己形象设计的类似镜像程序 用以给出答案 该答案也就是让NEO这个程序完成系统自动更新升级的启动程序
4 见3
总的来说影片就是表达了一个叫matrix的虚拟世界
在这个一切都是程序表达的世界中 设计者把程序设计成机器统治者人类 部分反抗的人类躲在地下一个叫zion的城市里找寻救世主伺机夺回曾经的地位
而两方发生的一切都是造物主已经设计好的程序的运行
matrix就像个超级游戏 在A（机器） B（人类）两方的无休止的运行中得到系统的升级
在180分钟。
在电影中人物角色手亲表述了针对华纳兄弟期待重新启动《黑客帝国》系列产品管理决策的疑惑与无可奈何。
电脑统治了世界，但是由于核战争，阳光被遮住，万物无法生长，能源也用光了。电脑发现人可以产生生物电，于是把人象种菜一样的进行克隆培养。但是，为了让他们不抵抗，这些人都是被催眠了的，并且通过影响脑电波，为每个人模拟一个世界(即母体，the
matrix)，并按他们实际生长的时期模拟不同的生活情况。
另外有些人，是生活在地下的“自由世界”，之所以说自由，是因为他们不被电脑控制，之所以用引号，是因为他们无法到地面上去。他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类。经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体。不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体。
这样，就象是一个玩...电脑统治了世界，但是由于核战争，阳光被遮住，万物无法生长，能源也用光了。电脑发现人可以产生生物电，于是把人象种菜一样的进行克隆培养。但是，为了让他们不抵抗，这些人都是被催眠了的，并且通过影响脑电波，为每个人模拟一个世界(即母体，the
matrix)，并按他们实际生长的时期模拟不同的生活情况。
另外有些人，是生活在地下的“自由世界”，之所以说自由，是因为他们不被电脑控制，之所以用引号，是因为他们无法到地面上去。他们一方面要抵抗机器的入侵，一方面也想拯救那些被催眠的同类。经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体。不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体。
这样，就象是一个玩网游的玩家有了作弊外挂啦，所以他们在母体中就会有超能力。而母体也有维护秩序的人，那就是“探员”，就象是GM——游戏管理员啦。他们当然权限大，也就是说，也有超能力啦。
谁知道，neo这个母体中的超级病毒感染了一个探员，使之成了更厉害的病毒，可以不断复制自己，以至于母体在对付人类这一心腹大患的同时不得不想办法对付那个病毒(史密斯)。但是就是没办法，于是neo在人类快支持不住的时候，跟母体的主宰(建筑师)进行谈判，以他的力量去消灭史密斯(其实消灭不掉，但是可以让史密斯感染到自己身上来，而他又是通过母体的线连进母体的，所以删了他，史密斯就被完全删除了)，这样来换得锡安所有人的性命。也就是说，他用自己的生命，换得众人的生存。
大概是用虚拟现实来给机器人洗脑来加入人类阵营。方法是让机器人进入梦境样的环境中，违反了一大堆物理定律，让他分不清虚拟与现实。最后让机器人身陷险境，女主角来救他，让他对人信任（机器人分不清现实和梦境）。但机器人的行为和思想是无法预知的，当机器人真的信任人类时（救了女主角且想与女主角共同生活在那梦境中）时，女主角其实并不信任机器人（完全是虚情假意）甚至害怕它，这相当于伤了机器人的心吧！反正感觉上机器人就像是小孩，很单纯吧。
尼奥选择让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。 关于Matrix Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论数学原理及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。 在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有六任救世主的原因。 按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。 特工史密斯 电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。 （史密斯和尼奥、莫非斯打斗场景） 尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 （尼奥复活后场景） 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。参考资料： http://www.cctv.com/program/dsfys/05/01/index.shtml
从这些能看出，你基本没看懂黑客帝国。你没看懂的是黑客帝国的宗教哲理。 那我们就从头开始。 电影里的矩阵不仅是一个虚拟程序，也是一个实际存在的地方。在这里，人类的身体被放在一个盛满营养液的器皿中，身上插满了各种插头以接受电脑系统的感官刺激信号。人类就依靠这些信号，生活在一个完全虚拟的电脑幻景中。机器用这样的方式占领了人类的思维空间，用人类的身体作为电池以维持自己的运行。 在电影中，Matrix是一套复杂的模拟系统程序，它是由具有人工智能的机器建立的，模拟了人类以前的世界，用以控制人类。在Matrix中出现的人物，都可以看做是具有人类意识特征的程序。这些程序根据所附着的载体不同有三类：一类是附着在生物载体上的，就是在矩阵中生活的普通人；一类是附着在电脑芯片上的，就是具有人工智能的机器；这些载体通过硬件与Matrix连接。而另一类则是自由程序，它没有载体，诸如特工、先知、建筑师、梅罗文加、火车人等。 Matrix是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。 锡安，一词在《圣经》中，是所罗门王建造圣殿所坐落的山，位于圣城耶路撒冷。而在犹太教中，“锡安”代表着上帝的荣耀，是神的救赎来临的标志。当大地被毁灭后，人类将在锡安接受最后的审判。 在电影中，“锡安”是指那些从Matrix中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗Matrix和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。有影迷根据剧情推测：zion 所在的世界其实是另一个母体，是超智能设计的让本身升级的另一套程序。更有人认为，“真实世界”中的zion所在的世界是用来蒙蔽那些觉醒者（占Matrix中人口总数1%的那些人）的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”，这个所谓的“母体”——zion所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本。 救世主，Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论《数学原理》及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。 在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有五任救世主的原因。 按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。 设计师，他是矩阵之父，确切的说是整个机械王国的缔造者，是他编制了“矩阵”这个系统，他是拥有最高智能和权限的机器。他认为一切事物都可以用精密的数学计算和逻辑推理来解释。而“先知”是另一个有最高智慧和极高权限的智能程序，她认为不确定性才是世界的本质，她可以说是比“设计师”拥有更先进思想的智能程序，是她引导NEO成为了救世主，没有她NEO也许会像前几任救世主一样选择进入“矩阵”，完成轮回。而她的目的是谋求机器与人的和平共处。NEO是一个人，他对世界本质的认识比一般人深刻，因此他拥有“超能力”，但是这点超能力对于改变世界来说是微不足道的，所以NEO根本不可能打败机器世界，就像机器人不能消灭人一样。因为机器一旦拥有了智能、独立意识就应该把他看成是一种新的生命形式，是与人平等的生命，如果NEO把机器全部消灭了那就是另一种的屠杀与奴役，是人屠杀了机器。因此片中的结局只能是唯一的结局，人与机器的共存，人与机器都有自由的权利，选择的权利。最终结果只能是——平衡。 特工史密斯 英文中的Smith意思就是铁匠，而他的车牌号是IS 5416，这都暗含着宗教含义。在《圣经·以塞亚书》第54章16节里说到：吹嘘炭火，打造合用的器械的铁匠是我所造；残害人、行毁灭的也是我所造。这正暗指特工史密斯在矩阵系统中的作用——消灭一切危害矩阵运行的异常程序。电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。 尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。 尼奥死了后，系统恢复到了以前（黑客帝国1的时候），但系统不再升级，机器帝国撤回了机器军队，人类免于毁灭。那么也不再有轮回了。 至于，为什么尼奥能让意识反回距阵，是因为他是救世主，能够超越矩阵，不受系统的约束。而其他人，则是通过传输进入矩阵（就是那些人后脑有个圆形的洞，将传输线插入后，就可使意念进入矩阵）。但他们不能够直接进入。 最后，人类的锡安和平了，那些被作为能源的人将继续活下去，但会拥有自由意识，不会再由系统支配。 /SPAN/p
并不是恢复 而是革新 尼奥并不是真正意义上的救世主 他的功能就是一个升级程序 当矩阵出现各种错误濒临奔溃时 他才会出现 然后把代码带回给设计师 让矩阵升级 而史密斯是一个病毒 矩阵无法获得他的代码 所以尼奥以这个为条件换来和平 也就是矩阵里的人可以选择自由了
我来说两句