因为这部电影的剧情发展的比较快，而且对人物的描写也不是特别的细致，所以导致很多人都看不懂。
问题一：这个在第一部里就有解释了，在MATRIX里身体受到的损伤会被大脑理解为真实的，进而引起身体的物理反映。因为墨菲斯在回答尼奥关于在矩阵中死亡怎么办的问题时说：“那你就永远也回不来了。”
问题二：NEO这个名字其实是导演玩的一个文字游戏。英语里救世主为“THE ONE”，而NEO就是将ONE的字母顺序打乱组合成的。关于救世主在现实世界里的超能力问题，可以参考第三步里先知的解释。貌似救世主本身的能力会通过矩阵与真实世界相连，而且这种能力只针对机器，因为在现实世界中NEO只能发挥空手放倒哨兵的能力而已，你可以将这种能力理解为一种识别认证，也就是说并非是NEO本体具有超自然力，而是在矩阵创造NEO时除了在程序设定上对其“放水”之外，也在救世主体内预设某种在真实世界中相对于矩阵具有广泛认同的程式，也就是说，NEO空手放倒哨兵以及在眼睛失明后仍然能感觉路线景物轮廓的能力其实是源自体内原本的特殊程式，你可以把NEO看成是一个功能不完全的活体矩阵遥控仪，可以遥控哨兵，并且具有盲感功能。
以上全部代表个人解读，望各位大侠指正，跪谢。
原创回答：
答案比较长，不知道楼主有没有这个耐心。
黑客帝国发生在22世纪末的时候，所以也有翻译“22世纪杀人网络”。
在那个时候，机器人的发达，使得它想代替人类，于是终于发生了一场大站。人们以为那些靠太阳能支持的机器，只要没了阳光就完了，于是用核武遮蔽了天空。可是遗憾的是，机器很快找到了新的能源的来源——人类。
第一集中，墨菲斯向尼奥讲述过这个问题，人体每时每刻都在制造生物电，于是机器就想办法把人当作电池来使用。这也是为什么第一集里，尼奥坐进崔妮蒂的车的时候，前排副驾驶位置上的(那个白头发女的叫什么来着？)转身拿枪对着他，命令他脱掉衬衫，还叫他copper head(中文字幕没翻译这个词，或者翻译得更直接)，copper head在美国英语中，是“金霸王”电池的外号。这时候的尼奥还接驳在母体(the matrix)中，也就是说，他正在为母体供电呢。
为了让人一辈子给它们做电池，母体给他们的大脑中传输幻像，好象自己在学习、工作、生活，但实际上，他们接收到的所有信息都是电脑干扰大脑神经而获得的，并没有真正吃到什么、喝到什么以及干什么。他们所经历的，都是电脑告诉他们的内容。
而墨菲斯他们都是被解放出来的人类，当然，核武战争之后，还有少部分人类转入地下生活，在很深的地底靠近地核的地方，温度还是比较高的，人们可以在那里生活，那里就成了他们的锡安。墨菲斯他们又在不断的解放被“养殖”的人类，一来扩大自己的力量，二来寻找墨菲斯深信的“救世主”。
再来解释一下母体控制人的方式，说到底，其实就是给他们营造一个虚拟的世界，就像是现下很流行的网络游戏一样，每个人在这游戏世界中担任一个角色，按游戏给你设定的规则，在里面“生活”。
而被救出来的人类，就可以通过一些方式黑到网游中去，就象我们玩网游的时候用外挂一样。因此游戏里面有网管，可以随便把人踢走、删号；母体里面有探员，可以随便把人杀掉。而这些探员可以象网管一样，爱用哪个帐号登录就用哪个帐号登录，探员可以负在任何人的身体上执行任务。
解释这么些，楼主该清楚黑客帝国是什么意思了吧。
1.也不能说是双胞胎死了 他们是一种病毒程序 最后汽车爆炸的时候可以看到他们属于半透明的无敌状态 剧情也没有详细介绍到底最后是如何 所以也不用对这个问题太钻牛角尖了
2.不是电脑人的瞬间转移，整个平民所在的世界都只是主机创建的一个世界，是不存在的，电脑人也只是主机所创建的程序，是防止平民发现他们生活在的世界是虚构的从而导致要逃离这个世界去ZION而存在的，他们之间的互相联系方式就是通过那个无线的耳机，楼主应该可以发现，每次要知道NEO一行人在什么地方出现的时候，不是通过平民的双眼，就是通过他们的手机。从墨菲斯对NEO实行的一个特警训练中墨菲斯所说的话也可以发现，他说，每个人都是特警，而每个人都不是特警。其实特警并不存在真实的肉体，每个平民随时都可能被其占据变为特警。（我说的特警就是楼主说的电脑人啦。。）
3.被SMITH复制的那个，我想楼主说的是贝恩，他不是无名小卒啦，楼主仔细观察，最后还是出现很多剧情的，在黑客帝国2最后和3里面。（可以仔细观察下之前的样貌，就是贝恩）后来就回到ZION，虽说是贝恩原来的面貌，但其实已经是SMITH这个特警进入ZION了，这个可以从黑客帝国2最后可以找到他的身影，在3里面的戏份还算不少。他最后是和NEO两个人在飞船上对打，结果就是他弄瞎了NEO而NEO杀死了他。当然，只是杀死了贝恩，也就是SMITH暂居的一个肉体，而并非杀了SMITH。
4.敌人？你是说ZION里的人吗？特警是生存在MATRIX中的，而非ZION，所以他们只能派乌贼进入ZION而自己无法进去，所以他们也不能附身在已经回到ZION中的人身上去的。贝恩是被SMITH复制，而非直接附身（复制是由于SMITH在第一部里被摧毁后，违抗程序的删除，变成了病毒所导致的，才会有后面全世界的人都被他复制了那一幕）
此上都为个人观点，借鉴就可以了，不一定正确。
辛苦码字，望楼主满意。
楼主的说法完全错误！！！楼主应该先去把黑客帝国的1、2部再重新看2、3遍。其中有个镜头，就是尼欧吃下药后复活的情景，他的实体生活在机器城市里，然后他把身上的插头都拔下来。他的旁边还有一大堆像“蛋”一样的东西，每个蛋里面生活着一个人，但这些人是处于昏迷状态，他们的思想被接上了母体（也就像墨菲斯他们，复活以后还能插插头进入母体）只有吃药才能使他们在真实世界苏醒。所以尼奥是人！从头到尾都不是程序！黑客帝国里出现的程序只有这些：祭师、守护天使（那个中国人）、梅洛宾杰斯（那个法国人）和他的老婆、手下们（如双胞胎、火车人等）、电脑人、史密斯。
黑客帝国1，2，3讲的是；《黑客帝国》讲述一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的。尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途。
我来说两句