没有结束，一切再次平衡，机器与人达成和平协议，
尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
1.为什么“先知”和“造物主”这些电脑程序都没消失？
没有消失，因为作为救世主的尼奥并没有消灭源程序(即造物主)。而是跟它达成一个协议，尼奥用自己的生命去帮助造物主消灭已经无法控制的史密斯，而造物主不再攻击锡安的人类。
2.真实世界本来是一片黑暗、肮脏的建筑物。为什么在结局处，“先知”她们看到的却是那么洁净的城市？
还有“先知”说“好美”，然后问那个女孩子“这是不是你做的”，这是什么意思？
首先，她们还是在母体中，不过不知道楼主有没有注意到，整个三部曲中，母体中的颜色都是泛着绿色的，只有锡安这个人类的根据地才是用的世界的本色。最后的日出，也是三部曲中唯一一次在母体中看到太阳，其实，这些都只是个象征，象征和平来了。至于先知对小女孩说的话，因为小女孩是程序，那些日出的美景其实也是程序造出来的，这样说也不为过。
3.电影里。是“造物主”控制Matrix，还是Matris控制“造物主”？或者说“造物主”只是Matrix里的一个工程师或者管理员？
造物主控制matrix(母体)，母体是他一手建造的，已经经过了好几代了。里面的一切都要受他的控制，只是后来史密斯成了病毒，已经超出了造物主的控制范围，所以只好接受尼奥的条件。
首先你得知道，锡安也是一个虚拟的世界（从尼奥能在锡安挡住电子乌贼以及能预测未来和在黑客帝国3中尼奥使命后仍然能看到另一个世界可以看出，而且史密斯还侵入了一个人的人脑，史密斯在母体中就可以随便占用人脑，这都能看出）。尼奥挡住了电子章鱼后，他的脑电波与处在母体中的人的脑电波相同，但他并没有出现在母体中，而是在处于锡安和母体中间的火车人掌管的地方。
大概是用虚拟现实来给机器人洗脑来加入人类阵营。方法是让机器人进入梦境样的环境中，违反了一大堆物理定律，让他分不清虚拟与现实。最后让机器人身陷险境，女主角来救他，让他对人信任（机器人分不清现实和梦境）。但机器人的行为和思想是无法预知的，当机器人真的信任人类时（救了女主角且想与女主角共同生活在那梦境中）时，女主角其实并不信任机器人（完全是虚情假意）甚至害怕它，这相当于伤了机器人的心吧！反正感觉上机器人就像是小孩，很单纯吧。
你说的那段小标题叫 变节
讲的是MATRIX的一个机器人追杀人类,被人类引到一个机器人陷阱中关闭了程序,然后被接入了人类编写的改写机器人程序,让那个机器人为人类服务.
其中过程主要描写的是机器人程序对人类程序的认识与感受的过程,绝大部分场景都是机器人的意识,也可以看做是人类改写程序对机器人程序的冲击.
最后那个女的不是被改写程序的机器人杀死,而是被MATRIX的增援机器人杀死,而被人类抓获的那个机器人的程序已被人类的程序改写,消灭了MATRIX的机器人.在那个女的的弥留之际,变节的那个机器人把电脑接口接在那个女的的头上,通过平台看到了那女的的死亡过程,从而彻底背叛了MATRIX,有了人类程序带给它的意识.
从这些能看出，你基本没看懂黑客帝国。你没看懂的是黑客帝国的宗教哲理。 那我们就从头开始。 电影里的矩阵不仅是一个虚拟程序，也是一个实际存在的地方。在这里，人类的身体被放在一个盛满营养液的器皿中，身上插满了各种插头以接受电脑系统的感官刺激信号。人类就依靠这些信号，生活在一个完全虚拟的电脑幻景中。机器用这样的方式占领了人类的思维空间，用人类的身体作为电池以维持自己的运行。 在电影中，Matrix是一套复杂的模拟系统程序，它是由具有人工智能的机器建立的，模拟了人类以前的世界，用以控制人类。在Matrix中出现的人物，都可以看做是具有人类意识特征的程序。这些程序根据所附着的载体不同有三类：一类是附着在生物载体上的，就是在矩阵中生活的普通人；一类是附着在电脑芯片上的，就是具有人工智能的机器；这些载体通过硬件与Matrix连接。而另一类则是自由程序，它没有载体，诸如特工、先知、建筑师、梅罗文加、火车人等。 Matrix是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。 锡安，一词在《圣经》中，是所罗门王建造圣殿所坐落的山，位于圣城耶路撒冷。而在犹太教中，“锡安”代表着上帝的荣耀，是神的救赎来临的标志。当大地被毁灭后，人类将在锡安接受最后的审判。 在电影中，“锡安”是指那些从Matrix中被解放的人类所栖居的家园，位于地球深处，依靠地热作为能源，成为人类对抗Matrix和机器之城的最后基地。电影用这个名字来命名人类的最后家园，象征着这里是正义得到彰显的地方，是对抗机器的圣地。有影迷根据剧情推测：zion 所在的世界其实是另一个母体，是超智能设计的让本身升级的另一套程序。更有人认为，“真实世界”中的zion所在的世界是用来蒙蔽那些觉醒者（占Matrix中人口总数1%的那些人）的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”，这个所谓的“母体”——zion所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本。 救世主，Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论《数学原理》及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容性就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。 在Matrix中，尼奥就是在Matrix这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。（建筑师对尼奥的谈话中涉及部分）当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定性。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定性提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有五任救世主的原因。 按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。 设计师，他是矩阵之父，确切的说是整个机械王国的缔造者，是他编制了“矩阵”这个系统，他是拥有最高智能和权限的机器。他认为一切事物都可以用精密的数学计算和逻辑推理来解释。而“先知”是另一个有最高智慧和极高权限的智能程序，她认为不确定性才是世界的本质，她可以说是比“设计师”拥有更先进思想的智能程序，是她引导NEO成为了救世主，没有她NEO也许会像前几任救世主一样选择进入“矩阵”，完成轮回。而她的目的是谋求机器与人的和平共处。NEO是一个人，他对世界本质的认识比一般人深刻，因此他拥有“超能力”，但是这点超能力对于改变世界来说是微不足道的，所以NEO根本不可能打败机器世界，就像机器人不能消灭人一样。因为机器一旦拥有了智能、独立意识就应该把他看成是一种新的生命形式，是与人平等的生命，如果NEO把机器全部消灭了那就是另一种的屠杀与奴役，是人屠杀了机器。因此片中的结局只能是唯一的结局，人与机器的共存，人与机器都有自由的权利，选择的权利。最终结果只能是——平衡。 特工史密斯 英文中的Smith意思就是铁匠，而他的车牌号是IS 5416，这都暗含着宗教含义。在《圣经·以塞亚书》第54章16节里说到：吹嘘炭火，打造合用的器械的铁匠是我所造；残害人、行毁灭的也是我所造。这正暗指特工史密斯在矩阵系统中的作用——消灭一切危害矩阵运行的异常程序。电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。 尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。 尼奥死了后，系统恢复到了以前（黑客帝国1的时候），但系统不再升级，机器帝国撤回了机器军队，人类免于毁灭。那么也不再有轮回了。 至于，为什么尼奥能让意识反回距阵，是因为他是救世主，能够超越矩阵，不受系统的约束。而其他人，则是通过传输进入矩阵（就是那些人后脑有个圆形的洞，将传输线插入后，就可使意念进入矩阵）。但他们不能够直接进入。 最后，人类的锡安和平了，那些被作为能源的人将继续活下去，但会拥有自由意识，不会再由系统支配。 /SPAN/p
这部电影作品的结局就是告诉我们在我们这个社会上还是有好的事情的，在我们这个社会，还是有善良的存在，所以说，不管我们经历了什么挫折与困难，一定要相信，善良，会存在的，一定会照顾我们，一定让我们克服困境。
尼奥之所以放任史密斯侵蚀是为了让机器锁定史密斯并将他删除。
4、注入的不是能量，是删除程序，因为史密斯们被锁定了，所以机器以尼奥通道注入删除程序，让史密斯们自爆了。
下面我把第2问到第4问串联起来详细解释一下：
黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他：如果你失败了怎么办？
尼奥回答：我不会失败！
因为尼奥和史密斯是互相关联的程序。
尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制。
但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他。
如果尼奥在矩阵中被杀，那么史密斯也会连带毁灭。
反之如果史密斯被杀，尼奥也会毁灭。
所以，在史密斯和尼奥的对决中，不管尼奥杀死史密斯，或者史密斯杀死尼奥，他们二者都会被摧毁。
而史密斯也预计到了这点，他依然用老办法，把尼奥复制成为自己，他认为这样就可以控制住尼奥。
可惜，他没有想到尼奥居然到达了机器城市，并且是由机器亲自接入了矩阵。
他复制了自己到尼奥的身上，也就给了机器定位并且清除他的最好机会。
所以，随着尼奥的自爆，无数史密斯随之也被消灭。
我来说两句